明太祖朱元璋在消灭了陈友谅、张士诚、方国珍等南方割据势力后，于公元1368年即皇帝位，年号洪武，定都金陵（今南京）。朱元璋在逐步完成中国统一后，吸取“民急则乱”的历史经验教训，认为“居上之道，正当用宽，但云宽则得众，不云宽则失之也”。同时鉴于元代崇奉喇嘛教的流弊，转而支持汉传佛教，因而禅、净、律、天台、贤首诸宗逐渐有所发展。又因明太祖出身于僧侣，也曾有意整顿佛教，重建被毁寺院，为佛教设立职官，改善世院为僧录司，设左右善世、左右阐教、左右讲经、觉义等官，高其品秩；亦利用儒学、道教为其统治服务。

　　为时不久，明太祖朱元璋恢复了历代统治集团的“宽猛相济”政策，对全国佛教管制甚严。明洪武初，未待全国平定，明太祖即宣布尊儒崇佛，一面竭力笼络利用文人，命翰林院择唐宋名儒“笺表为法者”，并诏举“聪明正直，贤良正方、孝悌力田”的儒士、孝廉、秀才、人才、耆民，而同时对不能为其所用或不合其心意者则采用高压政策。在朱元璋统治期间，曾发生两件震撼全国的案件：

　　一是洪武十三年（1380）以左丞相胡惟庸树党谋逆的罪名将胡杀害，后于洪武十九年到二十二年（1386-1390）又认为胡生前通倭通元（北方蒙元），又穷究党羽，株连被杀者三万余人，史称“胡案”、“胡狱”。

　　二是洪武二十六年（1393），凉国公蓝玉谋刺皇帝案，也遭到“族诛”，被杀一万五千人，史称“胡蓝之狱”。

　　朱元璋还颁布《昭示奸党录》与《逆党录》，将大明王朝开国元勋几乎都被杀害了，如大将徐达也被“赐死”。

　　宋濂是明初散文家，参与过《元史》编修，任翰林学士，被称为“开国文臣之首”。洪武十三年，宋濂之孙宋慎受胡案牵连在京坐牢，宋濂前去探监，朱元璋就下令处死。经太子、皇后求告免于一死，发配茂州（今四川境内），死于途中。

　　明初，著名的“吴中四杰”以诗文出众都做了官，结果是翰林院国史编修高启被诬赋诗含讽腰斩东市，徐贲下狱至死，张羽被逼投江，官至山西按察使的杨基受谗罢官劳役，忧愤而死。

　　著名学者解缙曾上万言书批评朱元璋“政令屡改，杀戮太多”，被罢官八年。永乐年间，明成祖起用主编《永乐大典》，永乐五年（1407）说他“泄禁中语”、“廷试读卷不公”被谪广西。八年后入京奏事又说他“无人臣之礼”将他下狱，最后还是被借故杀害了。

　　朱元璋当过和尚，但非常忌讳别人提及，甚至不准在文章中出现“僧 （生）”、“光”、“秃”等字样，由此又大兴文字之狱。常州学府训导蒋镇在为本府作《正旦贺表》中有“睿性可知”句，他把“生”读成“僧”，于是令诛。祥符县学教谕贾翥在本县《正旦贺表》中有“取法象魏”句，将“取法”读成“去发”，同样令诛。浙江府学教授林元亮替人作《谢增俸表》，其中有“作者垂宪”句；杭州府学教授、名儒徐一夔在贺表中有“光天之下，无生圣人，为世作则”等语，朱元璋以为他们讽刺他当过红巾军、做过和尚，就下令将他们斩首。

　　对佛门僧侣也如出一辙。明洪武初，朱元璋就诏令举荐各地“耆硕名僧”，邀杭州无旨可授、德隐普仁等出主名刹，弘扬德韶、圆照教规，还亲封灵隐寺方丈见心来复等为“十大高僧”，授可纯禅师为“杭郡都掌教”，管理佛门事务。

　　同时仿效梁武帝设“无遮道俗大斋”的形式，由朝廷出面在金陵（今南京）钟山天界寺举行布施僧俗的“无遮大会”。所谓“无遮”，即不分贵贱、僧俗、智愚、善恶，一律平等供斋，无所遮拦，以笼络佛徒信众。当时两浙的名僧都参与了这次大会。

　　洪武五年（1372），明太祖又下诏举荐名贤高僧，集中金陵，在蒋山寺举行“广荐法会”，由各地高僧升座说法。净慈寺清远怀渭、逆川智顺，灵隐寺的天镜原静等均参与其会，朱元璋还亲临慰问，并从中选 高僧点校藏经，实际将各地名位集中进行一次考核，对应对称意者加以封赏，并以僧人与世俗无所牵涉，寄以心腹，作为他的耳目，使其检校官民动静，随时告密。而对于一些不愿俯首受命者则逐渐受到排斥和迫害，如净慈寺住持愚庵曾名列全国名贤高僧榜首，但愚庵称其老病不能参加法会，不久就由朝廷下令命他去穹窿山“终老”。

　　中天竺住持宗泐又居各地高僧首位，明太祖立即命其到西域去取文殊经。回朝后被封为左善世师，赏赐甚丰。宗泐的“道德文章”为当时文学名士虞集等崇敬，明太祖又命其撰写《赞佛乐章》，共分八章：善始、昭信、慈延、法喜、禅悦、编应、妙济、善成。明太祖阅后御署曲名，下令谱成曲调，作为佛门定制，并尊称宗泐为“泐翁”、“泐秀才”，邀他留京做官，宗泐予以回辞。当时朝廷要设置“善世院”，总统天下佛教事务，又命宗泐发檄文至各名山表示拥戴，而宗泐却笑而不应。宗泐坚持返回杭州丛林，从此遭到冷落。宗泐急流勇退，最后和愚庵那样被遣送往安徽凤阳的槎峰终老。

　　明太祖在金陵设善世院，掌管全国各大名山大刹住持的任免，自此对佛教的限制管理日益严格。首先召集各地僧耆，规定寺院对禅、讲、教三类，要求僧众分别专业入院；对僧人普发度牒；并命各地沙门讲习《心经》、《金刚经》、《楞伽经》三经。

　　洪武十五年（1382）依照宋制设各级僧官，在京设僧录司，各府、州、县分设僧纲司、僧正司、僧会司。僧录司官员由礼部任命，主要任务是监督僧众行仪及主管考试。洪武二十四年（1393）又作出进一步控制的规定，命各州、府、县只许保留大寺观一所，僧众集中居住，限各府不得超过四十人、州三十人、县二十人等。

　　明初，杭州佛教各宗派中禅宗盛行，以临济宗为最。当时有元末遗留名僧楚石梵琦、梦堂昙噩、愚庵智及等；明初新起的著名禅师则有季潭宗泐、见心来复、南洲溥洽、以及道洐、德祥、祖芳、守仁、同庵等。这些名僧除道洐（即姚广孝）当时住持杭州天龙寺外，大多出自灵隐、天竺和净慈。他们都曾被封为僧官，道洐还因助明成祖复国有功，被封为荣禄大夫，上柱国、荣国公，“上朝著冠带，下朝穿僧衣”，这是佛教史上绝无仅有的。然而，在明王朝“宽猛相济”政策下，不少为官的高僧稍有不慎，就可能“今为座上客，明为阶下囚”。

　　如灵隐的见心来复，他于洪武三年（1370）由朱元璋亲封为高僧并召令入京封为僧录司左觉义，曾受命撰“正心”、“观道”、“崇本”、“敬贤”四箴（即规戒的箴言）。当时，来复在《谢恩书》中写了“全盘苏合来殊域”，“自惭无德颂陶唐”之句，朱元璋认为“殊”是“歹  朱”，骂皇帝是歹徒，借故说他“吟诗含讽”，将他杀害了。

　　又如灵隐寺慧明性原不遗余力修建寺院，于明洪武五年（1372）被列为高僧，洪武十一年（1378）住持灵隐寺时“振扬宗风”，颇有德行，不久却因僧人诬陷告官逮捕入狱。

　　再如中天竺住持南洲博洽，也被征召入京受封僧录司左善世师，明成祖疑与建文帝出奔有关，就把他拘禁十余年，最后由道洐临终时跪求才获释，出狱时已白发苍苍、垂垂老矣。

　　还有灵隐寺名僧豁堂无故入狱，只能在狱中传法，“佛声浩浩”，人称“地狱西方”。

　　这种戕害之风一开，冤狱迭起。其中明末“四大高僧”的遭遇和冤案震惊全国。这“四大高僧”是：

　　莲池祩宏（1535-1615）
　　紫柏真可（1543-1603）

　　憨山德清（1546-1623）

　　蕅益智旭（1599-1615）

　　除蕅益属后起之秀，曾师从莲池和憨山弟子雪岭，云游各地最后避居浙北山区孝丰（今属浙江安吉）灵隐西湖寺著述修行，未曾遇害外，他的三位师辈都受到迫害。憨山于万历二十三年（1585）因私建海印寺罪充军广东雷州，该寺被毁。莲池与紫柏都是杭州高僧，在佛学纷争和宫廷之争中都受到迫害。

　　莲池祩宏，即云栖大师。他本属禅宗，其教理多用华严宗解释，同时着重传播持名念佛的净土信仰。隆庆、万历年间，他“以匡庐莲社宗风大振东南”，西湖不少佛寺在其影响下，出现“中兴”之势。莲池在师事偏融时受到启发，并专志研习华严始祖法藏等的华严思想，曾在所著《阿弥陀经疏钞》中运用法藏教判把《阿弥陀经》判定为“顿教所摄、兼通终圆”。

　　就在明万历年间，雪浪在金山讲《楞严经》时，阐发了明代禅僧法藏主张的教义（此法藏不是华严始祖法藏）。法藏所著的《五宗原》一书反对其师密云的学说，主张一个圆相是禅宗五家的根本（此说与《楞严经》所说“心精偏圆，含裹十方”之意相同）。净慈寺住持性莲曾去金山听讲并抄录《五宗原》，还长跪坚邀莲池在净慈寺主讲《圆觉经》，先后五十三天，多时达万余人，盛况胜于历代，为此性莲被召入京。这时有人反对法藏背师叛道，性莲即潜返杭城修行忏悔，莲池也隐退丛林，闭门修心。

　　此后，又发生了“紫柏狱”。紫柏原在五台山刊刻《大藏经》，因北方气温寒冷迁来径山继续刊刻，史称《径山藏》（即明藏万历本）。万历三十一年（1603）就因所谓“妖书案”（有关宫廷倾轧内幕的匿名书）被诬入狱，当年死于狱中。由于事件接连发生，杭州佛门弟子噤若寒蝉，佛学陷于沉寂。正如《五灯会元续略·凡例》所说：“临济宗自宋季稍盛于江南，阅元而明，人宗大匠，所在都有”。但这些“人宗大匠”都只能是“韬光敛瑞，名莫得传”，因此，明代佛门宗匠见诸于史传者不多。直到明万历四十五年（1617），此时“四大高位”已只剩憨山一人，他以古稀之年，于是年正月专程来杭在云栖寺为莲池祩宏大师作塔铭，佛门为之一振，四方僧徒领袖在西湖集会欢迎，但也只是昙花一现，盛况一时。杭州佛教直到清初才有转机。

▲杭州云栖竹径莲池大师墓

　　综观明代杭州佛学，自宋以来，净土法门一直成为各宗共同信仰。明初时，道洐、南洲博洽等名僧都弘赞净土，各有著述。到了明代后期，莲池、蕅益等都专志净业，或提倡禅净一致，或说性相融合、或论儒佛合一，而一概以净土为归宿，广受道俗归向。莲池还建立了净土道场，从此盛行“禅净双修”，其影响一直延续至今。后人评定莲池为净土八祖，对杭州佛教的发展起着极其重要的作用。他一生奉佛，竭力主张儒、释、道三教一致，佛教各宗并重，故发愿礼拜十方三世一切佛、法、僧和西方东土历代传宗判教。蕅益从师辈遭遇获得启发，云游四方，最后至浙北山区灵峰闭门研究他们的学说和思想。为了融合儒佛思想，他曾著《周易禅解》、《四书蕅益解》，在佛教理论上提倡性相融合，实践上主张禅、教、律三学统一。《阿弥陀经要解》一书是他晚年以天台宗解释《阿弥陀经》，体现净土思想体系的著作，着重提倡持名念佛，并以此经总摄佛教，又以信愿行收摄此经宗旨。同时在他的其他著作中又有禅、教、律归入净土的思想，后来台家讲教大多依据他所释经论，因而形成合教、观、律归入净土的“灵峰派”，一直延续至今，故后人奉他为净土九祖 。

　　随之而起的还有在家居士研究佛学之风悄然而起，不少士大夫阶层的官员学士眼见官场险恶，纷纷闭门念佛修行，一些文学之士，如宋濂、袁宏道等都著有许多佛学著作；名流虞淳熙等就多从莲池研习过净土法门。在明末四大高僧中，莲池、憨山、蕅益都曾研习过法藏、澄观的华严思想，并撰有不少华严著作，但仍以净土为归宿。

　　自明代中叶后，由宣宗到穆宗（1426-1572）一百多年间，几代帝王，忽而佞佛，忽而抑佛，极不稳定。明宪宗于成化二年、十年、二十年先后三次滥发度牒而敛民财，使僧尼骤增。而嘉靖年间（1522-1566）明世宗又崇道抑佛，排斥佛教。在大起大落的情况下，佛教各宗都日见衰微，如慈恩宗等已濒临绝学，其著述也大多散失。仅明昱（1527-1616）等少数法师曾先后在金陵、杭州等地弘扬《唯识》。直到明末崇祯年间，才由莲池弟子绍觉广承继前贤遗志在杭州莲居庵讲说《唯识》，并著有《唯识音义》八卷，使几乎成为绝学的慈恩宗得以恢复，并被称为“莲居派”。对此，四大高僧之一的紫柏曾盛赞慈恩学者复继研究之举。此后钻研《楞严》者居多，《唯识》之学又趋于沉寂。

　　杭州律宗原已默默无闻，明末清初才有如馨在金陵传戒说法，重兴南山律宗。其再传弟子玉书来杭住持昭庆寺也开始重兴律宗，为重兴律宗创造了条件。

　　万历时以“四大高僧”为标志，佛学似有复兴之势，但又因政事纷争，不断受到挫折。

　　“十方选贤制”是由北宋苏轼提出实行的，好由官府邀各地名僧住持名刹，以振名山禅风。南宋时，径山石溪心月就提出要实行“分宗制”，遭到反对而平息。明正德六年（1511）径山寺僧惠诚等又提出要实行“分房制”，将该寺分为十八房，各房独立，住持由各房轮流担任，无权过问各房事务。在当时情况下，杭州各寺自顾不暇，已无人提出异议，致使径山名刹从此一蹶不振。据该寺遗址留有的万历年间的铁炉镌刻的名单表明，时隔仅六十余年，径山寺只剩下十房。据志书记载，最后只剩下三房。由法钦创建，大慧全盛的径山寺，从此趋向衰落。

　　由于杭城寺院大多毁于元末，因此明初时天竺、相国、大中祥符等寺均争待整修或重建。朝廷开始还重视，命地方官员给予支持，明太祖朱元璋还下旨重建上天竺观音菩萨殿，命杭州驻军士兵停操二个月，为重建观音殿搬运砖木。此后，朝廷对破败不堪的寺院一般都不管不问，如永乐年间重建玛瑙寺，成化中（1476）重建下天真寺等就都由寺僧毒峰禅师等募化自建。到明代后期，如智果寺等均已殿宇颓败，不蔽风雨，却一直无力修复，任其荒芜。正德年间，惠因寺僧人困于征徭、寺宇颓废，最后只能请行脚僧住寺维持。下天竺寺由寺僧向福建苦募木材，一路上还受到官府扣留刁难，最后在杭州富商名流资助下才得以重建。

　　明代中后期，有些皇亲国戚也仿效南宋王朝，将一些名刹改作“香火院”，其中最突出的就是孝惠皇太后邵氏将净慈寺“家庙化”。她割净慈寺十分之三并废法因寺、耗资十余万两黄金建成家庙，“玉垣金槛，赫奕一时”。人们把邵氏与吴越文穆王妃吴氏、忠懿王妃孙氏、宋章懿皇后李氏、高宗贵妃刘氏等并列，加上当时杭州出了李昱、茅瓒二名状元，故人们传称：“江潮拍岸生妃子，湖水平堤出状元。”

　　明时，杭州火灾频繁，倭乱不断，寺院常遭毁坏。如昭庆寺自洪武至成化年间，经过多次修而火，毁而建。嘉靖三十四年（1555）倭寇侵扰，地方官员“恐贼据为巢，遽火之，事平再造”，同时，拟将昭庆寺与净慈寺同时焚毁。当时净慈寺住持了然道富头顶“敕建净慈寺”匾额，泣跪于巡抚李天宠辕门，才得幸免。而昭庆寺等则“烟焰障天，湖水为赤”，寺院尽成灰烬。由于这几十年内戎马纷纭、征鼓喧杂，不少寺院沦为兵营，寺钟熔为兵器，乔松修竹被伐，僧徒窜伏林莽，又成为杭城佛教史上的一大劫难。有一年，海寇入侵杭城，火烧湖墅，西溪男女越岭至灵隐避难，寺僧都认为海寇必至而官兵又无力抵抗，纷纷主张弃寺逃避。灵隐寺住持前溪德明力主“合众结台于路，声势相援”，海寇闻讯不敢来犯。随即灵隐等寺又施粥济贫，但该寺数毁数建，损失甚大。

　　由于明初成片建寺，朝廷支持修建上天竺观音菩萨殿，逐渐吸引四方信众，每年春节后，自花朝至端午，农夫村姑成群结队，来到杭州上天竺烧香拜佛，开始形成了热闹的香市。据明代张岱《西湖香市记》所称，进香的善男信女“如逃如逐，如奔如追，撩扑不开，牵挽不住，数百十万男男女女，老老少少，日簇拥于寺之前后左右，凡四阅月方罢”。当时昭庆寺尚未焚毁，“至香市，则殿中边甬道上下，水池左右，山门内外，有屋则摊，无屋则厂，厂外有蓬，蓬外有摊”，盛极一时，这是杭州历史上最早出现的香市。故《万历钱塘县志》载：“每亢旱霪潦，有司恒即山中迎大士像入城，于吴山海会寺祈祷，无不响应，而大士遂为一郡雨旸司命，远方趋赴，香火之盛不下普陀，远及齐鲁楚豫，无不奔至，四时不绝，而春月尤繁。”

　　到了明代后期，由于兵火连年，灾荒不断，杭城出现一片萧条，满目凄凉。据张岱目击，但“见城中饥殍舁出，扛挠相续”，有人改古诗讥嘲云：

　　山不青山楼不楼

　　西湖歌舞一时休

　　暖风吹得死人臭

　　还把杭州送汴州

　　据明万历《武林梵志》载当时寺院分布：

　　计城内梵刹得寺庵院凡六十七，城外南山分脉得寺庵院凡一百，北山分脉得寺庵院凡一百九十六。外七县梵刹，计海宁县二十一寺，富阳县十四寺，余杭县十寺，临安县十二寺，新城县七寺，于潜县二寺，昌化县一寺，凡得寺院四百三十所。

　　按其所载，其中城区寺院已减至三百六十三所。

　　在此情况下，明末清初直到清王朝统一中国，杭州名僧纷纷退隐丛林，慈云寺、潮鸣寺、净慈寺、径山寺等又有成批僧侣先后东渡日本。在日本保留了很多明代禅风。其中于海宁碧会寺受临济宗法，主张“万法唯心”的隐元隆琦（1592-1673）于清顺治十一年（1654）东渡日本，后在京都创黄檗山万福寺宣扬临济宗法，成为日本佛教黄檗宗的开山祖师，成为日本禅宗三大派之一。

　　在此同时，江南一些士大夫继东林党而起，为抗清复明结社，由太仓人张溥、张采等发起，合并苏杭各地文社，称为“复社”，以谋挽救明王朝统治。清军南下，其中吴应箕、陈子龙等直接参加抗清，至顺治九年（1652）“复社”被取缔，加上康熙帝玄烨一直在全国平乱，镇压浙闽民起义，杭州一些士大夫以复明无望 ，纷纷隐入佛门，销声匿迹。如著名画家、诗人陈洪绶（1588-1652），明亡即削发为僧，原号老莲，改号悔迟、悔僧、云门僧、九品莲台主等，清兵入浙东时，他曾被捕，后在绍兴云门寺出家为僧，改号披缁，曾因拒绝为清将作画，几乎被杀害；后移居杭州吴山火德庙，面对景色已非的湖山，题吟了悲怆的《西湖垂柳图》。此外，当时著名“西泠十才子”中，在上天竺出家的有俍亭和尚、灵苗和尚等。俍亭有《山居诗》云：

　　寂寂山中人，居室尘不扫。

　　白云环绕之，阶前尽荒草。

　　徒侣绝往还，形容乐枯槁。

　　一笠与一瓢，兀然忘其老。

　　其诗充满凄凉哀伤，俍亭后终于西溪云溪庵。