南朝的佛教有许多义学沙门，分别就《毗昙》、《成实》、诸律、三论、《涅槃》、《摄论》等从事专研弘传，而形成许多的学系，具备宗派的雏形。其最著的有以下几种：

一、毗昙师

这是专研并弘传有部诸论的一派。所谓“毗昙”，原来包含迦旃延子的《八犍度论》和《毗婆沙论》等在内，但当时学者所弘传，主要是法救的《杂阿毗昙心论》（简称《杂心论》）。

这一时期的毗昙师，在宋代有法业、慧定、昙斌等，齐代有僧渊、僧慧、慧基等，梁代有道乘、僧韶、慧集、智藏等，陈代有慧弼等。其中梁建康招提寺慧集（456—515）为南朝最著名的毗昙学家。前此所研习的毗昙，多半是《杂心》，到了慧集，才于《杂心》之外广究《八犍度》、《毗婆沙》等，所以唯毗昙一部，独步当时，每一开讲，学者都到千人，一代名僧僧旻、法云也列席听讲，所撰《毗昙大义疏》十余万言行世。

二、成实师

在宋代有僧导、僧威、道猛等，齐代有僧钟、僧柔、慧次等，梁代有僧旻、法云、智藏等，陈代有法假、慧布等，皆敷扬《成实论》不绝。这一学派兴起于齐，至梁而极盛，陈末才渐次衰微。原由列席罗什《成实》译场的僧导和其同门的僧嵩的传播，分别成为两大系统。僧导初在关中著《成实》、三论的义疏等，后来在寿春（今安徽寿县）立东山寺，讲说经论。

当时有名的成实师，要推道猛（411—475）。道猛本是西凉州人，少游燕赵，后来在寿春（当时僧导在其地）精研《成实》，时称独步。宋元嘉二十六年（449）到建康，先后在东安、兴皇二寺开讲《成实》。道猛的弟子有道慧（451—481），当道猛讲《成实》时，张融反复辩难，道慧代答，竟把张融折服。

齐代名宿僧柔（431—494）、慧次（434—490），于永明七年（489）应萧子良之请，在普弘寺轮讲《成实》，并就论文删繁存要，称为《略成实论》九卷。子良即写百部流通，并令周颙作序。梁代的三大法师法云（467—529）、僧旻（467—527）、智藏（458—522）早年也分别就僧柔、慧次受成实学，后来盛弘《成实》。

三、三论师

三论学的兴起，始于梁代的僧朗。僧朗，辽东人，初入关内习学罗什、僧肇的教义，后到建康，住在钟山草堂寺，遇周颙，授以此义，周颙因著《三宗论》。既而移住摄山栖霞寺，开讲《华严》及三论，后人称为摄山大师。

天监十一年（512）梁武帝遣中寺僧怀、灵根寺慧令等十人入山，谘受三论大义，内中只僧诠习学最有成就。僧诠后住摄山止观寺，盛弘三论，称为新说，而以在其前者为关河旧说。其门下有兴皇寺法朗、长干寺智辩、禅众寺慧勇、栖霞寺慧布四人，都长于三论，但继承僧诠的学统的是法朗。

法朗（507—581），初从宝志、彖律师靖公等受禅、律、《成实》、《毗昙》，从僧诠受《智度》、三论、《华严》、《大品》等。陈永定二年（558）应武帝请，入建康住兴皇寺，自后二十余年，继续讲四论及《华严》、《大品》等。尝承僧诠所说，作《中论疏》（今不传），其说散见于吉藏的著述中。弟子知名的有罗云等二十五人，分布于长江上下乃至关中各地。后至隋代的嘉祥吉藏而形成宗派。