隋代佛教义学的发展及宗派的建立，由于当时全国一统，南北佛教的思想体系得到交光互摄的机会，从而各宗派学说一般都有汇合折衷的趋势。这时期，如北方地论南道派的慧远，南方天台宗的智顗，三论宗的吉藏，都可为其代表。普法宗信行的三阶教也属于这个类型。

慧远（523—592）的主要学说见于所撰《大乘义章》。此书把佛教义学的大纲分作《教法聚》、《义法聚》、《染聚》、《净聚》、《杂聚》（此聚已佚）五类。每类中都是先叙《毗昙》、《成实》，然后归结到《地论》、《涅槃》。他盛弘《十地经论》。此论原系解释《华严经》中的《十地品》，所以他同时也是宗《华严》的。

他晚年又列席摄论师昙迁的讲筵，还著了《起信论义疏》，因而他又汲取了《涅槃》、《摄论》及至《起信》的思想，主张《地论》所说的“阿梨耶识”和《楞伽》所说的“如来藏心”、《涅槃》所说“佛性”是一法，称为如来藏自性清净心，从而缘起法界恒沙佛法，是名“真性缘起”或“真识缘起”。这种思想即为后世华严宗智俨、法藏的“法界缘起”学说的张本。

智顗（538—597）是天台宗实际的创立者，他从当时流行的大乘经里举出以《法华经》为中心，而以南北朝佛教的义学为根据，特别是发展了慧文的一心三观说和慧思诸法实相说，提出“圆融三谛”、“一念三千”的新义。

一心三观原已发明观境兼备空、假、中三谛，由此更理解到诸法之即空即假即中，一时互具，而成为三谛圆融。诸法实相原以佛的知见为标准，所以见得实相的内容为如是相、如是性、如是体、如是力、如是作、如是因、如是缘、如是果、如是报、如是本末究竟等，一共十如。在这基础上，更见到十如的互具，又遍于六凡四圣的十法界，更各有五阴、众生、国土三种世间，这样重迭计算，有三千诸法，皆于一念中有具足之义，此即一念三千。智顗学说，即以此等观法为其修持的指导思想。

吉藏（549—623）由法朗得承罗什、僧肇所传的三论法门，对魏晋南北朝所有的各家学说一一加以批判，特别是破斥当时的成实师等，形成了三论一大宗派。吉藏先后著成《中》、《百》、《十二门论》的注疏及《三论玄义》、《大乘玄义》、《二谛义》等，把《般若》无得、性空的义理发挥无遗。

此外，当南北朝时代之末，《摩诃摩耶经》、《大集月藏经》先后译出。当时产生一种“末法”思想，认为已入末法时代。信行的“三阶教”，便是从这种思想中酝酿而成的。他就时、处、机（人）把佛教分作“三阶”，以为当时到了佛灭一千年以后，又在戒见俱破的世界，多有戒见俱破的颠倒众生，这都到了第三阶时期。此时众生的机类，我见、边见成熟，所以偏学一乘、三乘，或偏念《弥陀》、《法华》，彼此是非，终至犯诽谤罪，永无出离之期。只合依普佛普法的法门，即佛无差别、法无差别、普法普佛、普真普正的佛法。此即信行极力宣传的说教。信行圆寂后不久，开皇二十年（600），朝廷明令禁断三阶教典，不听传行，但信奉其说的依然不绝。

又北地摄论师的兴起，也在隋文帝时代，如昙迁的著述中有《九识章》专篇，他的弟子道英又深会“无相思尘”的大旨，因而《摄论》的学说仍为一般佛教界所讲习。