关于三宝的类别，贤首国师分为同相、别相、住持等三种。藕益大师依四教仪，立四种三宝，在《释门皈敬仪》与《四分律行事钞资持记》中，皆说有一体、理体、化相、住持等四种三宝，《大乘义章》则分为同体、别体、一乘、三乘、真实、住持等六种三宝，归纳而言：不出事理各二，合共四种。

一、别相三宝：指佛在世时，与众生接触的三宝，有大乘与小乘之分。大乘三宝，指佛初成道时，圆证三身，说华严大教的卢舍那佛，为佛宝；华严经及其他大乘经典，是法宝；诸大菩萨及十地圣人，是僧宝。

若从体起用应小乘机言：现丈六金身的释迦牟尼佛，是佛宝；四谛十二因缘等教、理、行、果，是法宝；依法修行，证解脱道的三乘圣众，是僧宝。以其各别真实示现人间，教化众生，故名别相，又名化相三宝。

二、住持三宝：佛灭度后，流传于世间，凡用纸绢绘画，或用金银铜铁铸造，或泥塑木雕的大小佛像，皆能代表释尊，名为佛宝；佛弟子结集，佛一代时教所说的三藏十二部经，是法宝；出家学佛、住持佛法大厦，弘扬佛法的比丘、比丘尼二部僧众，皆名僧宝。

三、理性三宝：又名自性三宝，众生本具真如自性，圆明觉照，是佛宝觉义；真如自性，能生十法界圣凡诸法，为一切法轨则，是法宝正义；真如自性，不生不灭，不垢不净，是僧宝净义。佛、法、僧皆依真如自性立，故名自性三宝。真如自性，是一切法所依据的理体，故又名理体三宝。

四、一体三宝：三宝中各具三宝之义。在佛宝言：佛本身觉照明了，是佛觉义；佛亲证诸法实相，是法正义，佛身心清净，是僧宝净义。在法宝言，诸法实相，灵明觉照，是佛宝觉义；原本执持万物，是法宝正义；原本清净无染，是僧宝净义。在僧宝言，僧众修行学佛，能立观智，是佛觉义；能循正轨进修，破邪显正，是法正义；能和合共处，清净无诤，是僧净义。三者互具，不可分割，故名一体三宝。又名同体三宝。

前别相，住持二种，各有形式相貌可见，属事相三宝。后理体，一体三宝，是据理性言，但可以神会，不可以观见，属于理性三宝。事理各二，合名四种三宝。