自此以后，住持灵隐者，由贯通而昔征，而心融，而慧明，而却非。贯通是天竺法镜寺僧，住持之后，修建联灯阁、大寮、库房等房屋，光绪三十四年圆寂。昔征扬州人，出家凤林寺，住持十年，锐意整顿，因得到盛宣怀的护持，于宣统二年重建大雄宝殿，仍高十三丈五尺。建殿木料本系清宫向美洲所买，用以修理颐和园的，因时局不靖，南运杭州，修建灵隐。民国六年（1917），又建大悲阁。心融在住持期间，没有什么建树。

民国九年（1920）以后的住持慧明是禅宗尊宿，以脱略著称，全寺事务均由监院却非料理。民国十九年（1930）慧明示寂，却非继任，修建翠微亭、春淙亭，不久天王殿亦用水泥钢骨翻造落成，寺貌焕然一新。民国二十五年（1936）冬，罗汉堂不戒于火被毁，前代所遗之物，现在只有天王殿中木刻韦陀像而已。

民国二十六年（1937）十一月，日本军国主义的侵略军进入杭州，难民麇集在灵隐天竺，红卍字会设难民收容所于灵隐，收容难民五六百人，不易维持秩序。客堂、伽蓝殿、东山门及梵香阁，都因难民夜半失火被焚。幸寺僧奋力抢救，没有波及大殿、天王殿。

当时却非处境非常困难，就去上海暂避。自此以后，寺中境况更窘，常常无米为炊。这种情况，一直延续到抗战胜利，才告结束。却非返寺后，虽云退居，而仍主持寺务，1948年冬圆寂。