灵隐寺自建立始，曾多次易名。慧理创建初，认定此山是印度飞来的灵鹫山，多为＂仙灵所隐＂，故名＂灵隐寺＂。此名一直沿袭到了五代，吴越忠懿王钱弘俶赐名＂灵隐新寺＂；宋真宗景德四年（公元1007年），真宗赐名改为＂灵隐山景德寺＂。天禧五年（公元1021年），又赐名改称＂景德灵隐寺＂。南宋建都杭州后，宋高宗于绍兴五年（公元1135年）又将＂景德灵隐寺＂改为＂灵隐山崇恩显亲禅寺＂。

    到了清康熙二十八年（公元1689年），灵隐寺由康熙皇帝改成了＂云林禅寺＂。

    清圣祖康熙皇帝（公元1654-1722年），全名为爱新觉罗•玄烨，八岁继皇位，年号康熙，在位时间六十一年。康熙皇帝很有作为，他在位时，对于统一中国疆域，遏制沙俄对华侵略野心，恢复发展农业生产、治理水患及促进文化事业都有一定的贡献，社会呈现稳定繁荣的局面，史称＂康乾盛世＂。

    据《增修云林寺志》记载：清康熙二十八年（公元1689年），清圣祖仁皇帝南巡，驾幸灵隐寺，作《御制飞来峰》诗一首：

    岫崚山洞壑奇，悬藤古木半迷离。

    冷泉亭子清溪上，谁识源头混混时。

    又写《御制灵隐寺》诗一首：

    灵隐舍秀色，鹫岭起嵯峨。

    梵宇盘空出，香云绕地多。

    开襟对层碧，下马抚烟萝。

    羽卫闲来往，非同问法过。

    康熙皇帝这一年巡幸灵隐寺，亲洒宸翰书写了＂云林＂两字。赐名＂云林寺＂。

    清康熙三十八年（公元1699年），康熙皇帝再一次驾幸灵隐寺，赐金佛一尊，香金五百两。御书＂禅门法纪＂匾额一块。同时，御题一联云：

    禅心澄水月，法鼓聚鱼龙。

    写有《御制云林寺》诗一首：

    无为几事少，问俗驻林邱。

    卫骑森岩减，炉烟爱云浮。

    鸟蹄香界古，花缀梵筵幽。

    野径春风引，轻铺细草柔。

    另有一首《御制灵鹫诗》：

    何处飞来一块石，嵌空岩窦作玲珑。

    下临巨涧淙淙冷，上荫长松谡谡风。

    清康熙四十二年（公元1703年），康熙皇帝再一次驾幸灵隐寺，赐御书《金刚经》一卷，《心经》一卷。吟诵《御制再过鹫峰》诗一首：

    爱此清幽一径深，马随泉响入云林。

    苍苔古洞何年凿，脉脉韶光自赏心。

    清康熙四十四年（公元1705年），康熙皇帝又幸灵隐寺，赐住持慧赂御书金扇一柄，石砚一方。他在灵隐寺留下的传奇，莫过于改＂灵隐寺＂为＂云林禅寺＂的故事了。这个故事的真实性最后是由其孙乾隆皇帝给道破的。

    乾隆皇帝于乾隆四十五年（公元1780年）驾幸灵隐寺时，写了一首《驻跸轩诗》：

    灵隐易云林，奎章岁月深。

    名从工部借，诗意考功吟。

    讵必频庚韵，那无一写心。

    偷闲成五字，佳境向前寻。

    诗中的＂工部＂即唐诗人杜甫，他有《题柏大兄弟山居室壁》一诗：

    叔父朱门贵，郎君玉树高。

    山居清典籍，文雅涉风骚。

    江汉终吾老，云林得尔曹。

    哀弦绕白雪，未与俗人操。

    这首诗颇有陶渊明之风，描述了柏大山居时超然于物外的脱俗之境。＂江汉终吾老，云林得尔曹＂，远离尘嚣，与江汉云林为伍，终老而止。灵隐寺原为佛家清静之地，地处幽谷偏壤之所，云岚绕绕缭缭，林木夹道而立，古寺杂于中间，借用杜甫的诗句来合其寓意，是颇为恰当的。