公元1282年元世祖至元十九年，开凿灵隐飞来峰石窟造像。

　　公元1284年元世祖至元二十一年，灵隐寺虎伏净岩上殿力劝元世祖＂戒勿杀＂。

　　公元1287年元世祖至元二十四年，在灵隐飞来峰雕密宗观音等像。二年后造57号禽佛像。

　　公元1308年元武宗至大元年，灵隐寺觉皇殿因蠹朽倾秃，由寺僧慈照住持募化修葺，历时四年，至皇庆元年(1312年)竣工。

　　公元1338年元惠宗至元四年，竹泉法林自净慈寺迁住灵隐，一度宗风大振，朝廷受＂金裥衣＂。不久出走，长期云游会稽山中，后经朝廷下旨召请，归灵隐勉强住三年，就退居＂了幻庵＂。

　　公元1343年元至正三年和至正十九年(1359年)，灵隐两度毁于兵火。

　　公元1356年 元顺帝至正十六年，元帅伯颜在龙泓洞造佛像十尊、观音菩萨一尊，现仍在洞内。元顺帝至正十九年(1359年)、二十年(1360年)、二十六年(1366年)、二十九年(1369年)，徐僧录、杨田谅、杨连真伽及脱脱夫人各施资造像(皆有造像记可考)。

　　公元1363年元末至正二十三年，由住持辅良修建方丈室和伽蓝堂，灵隐寺于元代已趋衰落。