公元1368年明洪武元年，太祖朱元璋设＂善世院＂管理佛教事务。同年灵隐寺与天竺＂划疆分道＂。

　　公元1370年―明洪武三年，太祖封灵隐寺住持见心来复和慧明性源为＂十大高僧＂，同年复召见心入京说法，名震京师，授＂金裥袈裟＂。并命撰＂正心＂＂崇本＂＂观道＂＂敬贤＂四箴。

　　公元1372年，明洪武五年，太祖朱元璋诏令举荐高僧，在金陵蒋山举行＂广荐法会＂，灵隐寺不少僧人前往参加。

　　公元1382年，明洪武十五年，封见心来复为＂僧录司左觉义＂。不久，因丞相胡惟庸案牵连，说他＂吟诗含讽＂被下狱杀害。

　　公元1384年，明洪武十七年，住持慧明开始重建觉皇殿，改寺名为＂灵隐祥寺＂但因资力不足，佛殿内佛像功具等直至永乐元年（1403年）方全部装上就绪，由寺僧善才募施装修大佛诸天及诸供具。

　　公元1404年前后，明永乐初，灵隐寺临济宗高僧豁堂继席重振灵隐，并从扬州请来云门宗高僧具德和尚，来杭共兴寺庙，致使灵隐重开云门法席＂群英咸集＂，成为杭城＂禅林盛事＂。至今灵隐寺大殿内尚存一联云：＂无论为云门临济均禅宗嫡派＂即指灵隐曾盛传云门、临济教法，都出自禅宗正统。

　　公元1430年，明宣德五年觉皇殿又毁于火。

　　公元1432年，明宣德七年，《灵隐小志》为宣德九年公元1434年由住持昙赞建左右翼门和面壁轩，继由住持良玢重建觉皇殿，殿中有丈余长的拜石，刻有花卉鳞甲文，工巧如画。

　　公元1446年明正统十一年，僧泫理建＂直指堂＂，堂额为张即之所书，时寺内已建有弥勒阁、莲峰阁、千佛殿、延宾水阁、望海阁及白云庵、松源庵等，颇具规模。

　　公元1569年明隆庆三年，灵隐寺毁于雷火，仅剩直指堂。

　　公元1582年，明万历十年，才由吏部尚书张瀚、司寇陆光祖等迎如通禅师来杭重建灵隐寺，改觉皇殿为＂大雄宝殿＂。

　　公元1583年明万历十一年冬，灵隐寺开始修复，历时五年，于万历十六年（1588年）竣工。大殿仿唐式，用柱平头四十八，石柱十六，竣工后如通禅师开堂说法，士庶云集。

　　公元1590年明万历十八年，如通与僧祓秽重建理公塔，虞淳熙撰塔铭，嵌于第二层，第三层刻＂金刚经＂及＂光明净域＂＂南无宝藏胜佛＂等字，第四层以上皆刻佛像。并在正殿塑五百罗汉涌壁；在弥勒阁旧址建三藏殿，其后为直指堂、方丈室；方丈室左为妙香阁，右为选佛斋。张瀚又为作记。

　　公元1600年明万历二十八年，由司礼监孙隆进行修葺，并在三藏殿中置轮藏经，计六百三十八函。轮藏之右为水陆像藏，共一百二十五轴，现大雄宝殿前铁香炉亦是孙隆指铸（内刻名号）。

　　公元1640年，明崇祯十三年，灵隐寺又毁于火，仅剩大殿，直指堂和轮藏殿。